Pedersen forlader FC København og tiltræder Panathinaikos. I Grækenland genforenes han med Jacob Neestrup og Stefan Madsen. Siden 2021 har han været en del af FCK og er kendt for sin skarpe analytiske sans og en innovativ tilgang. Dette sker trods en nylig kontraktforlængelse med FCK. Nu fortsætter han arbejdet i Grækenland.
