Som 23-årig gav Jacob Neestrup op som FCK-spiller på grund af skader og begyndte straks som ungdomstræner i klubben. Han var assistent for Ståle Solbakken i FCK og bidrog til 2018/19-mesterskabet, inden han i 2019 blev cheftræner i Viborg FF. Der førte han holdet til en ubesejret topplacering i 2021. Fra 2022 vendte han tilbage som FCKs cheftræner og vandt mesterskaberne i 2023 og 2025, tog pokalerne og nåede Champions League i 2024. I september 2025 toppede FCK Superligaen med 1,95 point pr. kamp, bedre end Solbakken og de andre tidligere trænere. I marts 2026 stod klubben i krise med en 31. plads i CL og ude af mesterskabsspillet, men pokalfinalen blev alligevel sikret.
Mindeside for FCK Håndbold
- et glemt kapitel i FCKs og dansk håndbolds historie
Mindeside for FCK Håndbold
- et glemt kapitel i FCKs og dansk håndbolds historie